公司有排污许可证，但委托第三方自来水厂处理污水，是否需要缴纳环境保护税？

根据《环境保护税法》（主席令第六十一号）第二条规定，在中华人民共和国领域和中华人民共和国管辖的其他海域，直接向环境排放应税污染物的企业事业单位和其他生产经营者为环境保护税的纳税人，应当依照本法规定缴纳环境保护税。

第四条 有下列情形之一的，不属于直接向环境排放污染物，不缴纳相应污染物的环境保护税：（一）企业事业单位和其他生产经营者向依法设立的污水集中处理、生活垃圾集中处理场所排放应税污染物的；（二）企业事业单位和其他生产经营者在符合国家和地方环境保护标准的设施圣一君财税咨询、税务筹划场所贮存或者处置固体废物的。因此，若单位污水通过管道进入自来水厂处理的不属于直接排放，不需要缴纳环境保护税。