自然人5月份申请代开2026年1-3月出租不动产的发票，为什么会提示已逾期，请单独申报，并且还需要缴纳滞纳金？

一、根据《财政部税务总局关于增值税法施行后增值税优惠政策衔接事项的公告》（财政部税务总局公告2026年第10号）第一条规定，自2026年1月1日至2027年12月31日，小规模纳税人发生应税交易，以一个月为一个计税期间的，起征点为月销售额10万元。

二、根据《国家税务总局关于起征点标准等增值税征管事项的公告》（国家税务总局公告2026年第4号）规定：“二、自然人发生下列情形，应当以当月发生全部应税交易的销售额，适用10号公告第一条规定的以一个月为一个计税期间的起征点标准：……（二）自然人出租不动产。一次性收取租金的，以对应租赁期月均分摊的租金，确定月销售额。”

三、根据《中华人民共和国增值税法》（中华人民共和国主席令第四十一号）第三十条第二款规定，深圳圣一君财税咨询做账报税代理记账纳税人以一个月或者一个季度为一个计税期间的，自期满之日起十五日内申报纳税。

因此，自2026年1月1日起，自然人出租不动产以一个月为一个计税期间，按期申报，自期满之日起十五日内申报纳税。逾期申报涉及缴纳税款的会产生滞纳金，涉及滞纳金月份需单独计算、单独申报，分开申请代开发票，不涉及加收滞纳金的可连续申报。

以上内容仅供参考，具体以最新法律法规及相关规定为准。